Hay muchas versiones sobre el origen de los chiles en nogada, pero no hay un registro histórico en el que se pueda comprobar que alguna de ellas es la verdadera.
Una versión narra que los chiles en nogada nacieron en el siglo XVII gracias a las monjas Clarisas y que, en 1821, las damas de la alta sociedad de la época en Puebla, homenajearon a Agustín de Iturbide a su regreso de firmar los Tratados de Córdoba en Veracruz.
Otra leyenda que es muy romántica cuenta que en el Ejército Trigarante hubo tres soldados cuyas novias vivían en Puebla y que ellas, para festejar el triunfo de la independencia y emocionadas por el retorno de sus amados, escogieron cada una un ingrediente representativo de los colores del Ejército Trigarante, se encomendaron a la Virgen del Rosario, y se pusieron a cocinar.
La más popular, que además es la oficial, dice que es un platillo inventado por las monjas Agustinas en el convento de Santa Mónica, en Puebla, para festejar la reciente Independencia de México y el santo de Agustín de Iturbide. Al parecer las monjas, usando los productos de temporada, prepararon un platillo que mostraba los colores del Ejército Trigarante: verde, blanco y rojo.
Algo en lo que coinciden todas las versiones es que los chiles en nogada surgen de diversas recetas familiares del estado de Puebla, aunque es hasta la primera mitad del siglo XIX que encontramos una receta de chiles en nogada en el famoso recetario del México independiente, El Cocinero Mexicano (1831). Los puntos en común de estas versiones son que se crearon en Puebla, pero no se encuentra ninguna versión escrita antes de la del Cocinero Mexicano, libro impreso en 1831.

“Se asan los chiles y se abren por un lado, quitándoles el pellejo y las venas y se rellenan con lo siguiente: se pican unos lomos de puerco y se ponen á cocer, se vuelven á picar despues de cocidos. Se muele y se frie xitomate, y estándolo muy bien, se le revuelve la carne, echando un poco de clavo, canela, pimienta y azucar, de modo que no quede dulce el picadillo: se añade bastante peregil, un poco de azafrán y la sal suficiente, y al tiempo de
rellenar se mezclan tambien pasas, almendras peladas, piñones, acitron, chilitos y aceitunas.
Se acomodan los chiles en un platon. Se pone á remojar pan francés frio, y esprimiéndolo un poco se muele en el metate. Se muelen tambien unas pocas de almendras sin cáscaras y cominos con la correspondiente sal. Se baja del metate con muy poca agua y añadiéndose un poco de aceite, se revuelve todo, y con esta nogada se cubren los chiles, echándose más aceite por encima.”

La receta de los chiles en nogada tal y como la conocemos el día de hoy no aparece si no hasta la segunda mitad del siglo XIX en recetarios como el Formulario de la cocina mexicana.

La tradición oral, sin embargo, ha sido la pieza clave de la conservación de este platillo que es considerado de lujo a base de chiles poblanos, nuez de Castilla y granadas y representativo de la gastronomía mexicana y sobre todo del mes patrio y las noches mexicanas.

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